全基因组范围基因敲除gRNA文库(GeCKO v2.0)
黄金城集团提供专利引进于Broad研究所张峰实验室的,能实现Human和Mouse细胞基因组范围CRISPR敲除的gRNA文库(GeCKO ),能够在Human或Mouse细胞中快速产生功能缺失的突变体并且筛选所期望的表型。运用GeCKO文库可以在人或小鼠的基因组内敲除任何表达基因及miRNA等非表达的基因。GeCKO文库允许客户在不同的条件下鉴定任何细胞功能必须的基因,筛选何种基因的缺失会使癌细胞具有耐药性。GeCKO文库已经被广泛使用于原代的人或小鼠细胞,干细胞,癌细胞及各种稳定细胞系。GeCKO v2.0作为升级版的GeCKO文库,加入非靶向gRNA作为对照,同时用于转导的慢病毒载体也同步进行了升级,以便更高效的富集病毒和提升病毒在原代细胞的转染效率。
GeCKO v2.0文库针对每个基因设计了6条gRNA序列,但为了降低后续转染和筛选工作量的压力将GeCKO v2.0文库分成两个文库,文库A和文库B。每个文库包含针对每个基因的3个gRNA,以及1,000个非靶向的对照性gRNA。A文库还包含针对miRNA的gRNA(每个miRNA有4个gRNA)。为了确保针对每个基因的gRNA的完整表达,可以同时购买A文库和B文库混合后使用;但如果细胞样品和后续高通量筛能力有限,建议可以仅使用文库A进行筛选。
更多GeCKO文库设计、构建信息,请参考张峰实验室发表的文献:Sanjana N.E.,Shalem O.,Zhang F. Improved vectors and genome-wide libraries for CRISPR screening. Nat Methods. 2014 Aug;11(8):783-4. doi:10.1038/nmeth.3047.
文库信息
文库 |
序列信息 |
Human Library A |
65,383 sequences:
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靶向19,050个基因,每3条gRNA靶向1个基因;
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1,864个miRNA,每4条gRNA靶向1个miRNA;
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1000条对照(非靶向性)gRNA。
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Human Library B |
58,028 sequences:
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靶向19,050个基因,每3条gRNA靶向1个基因;
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1000条对照(非靶向性)gRNA。
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Mouse Library A |
67,405 sequences:
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靶向20,611个基因,每3条gRNA靶向1个基因;
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1,175个miRNA,每4条gRNA靶向1个miRNA;
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1000条对照(非靶向性)gRNA。
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Mouse Library B |
62,804 sequences:
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靶向20,611个基因,每3条gRNA靶向1个基因;
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1000条对照(非靶向性)gRNA。
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黄金城集团GeCKO v2.0文库交付形式和使用方法
GeCKO v2.0文库中每一个gRNA都被克隆进优化的慢病毒载体,与辅助细胞共转染293细胞后可形成高滴度的病毒,最终gRNA序列可在目的细胞中实现高效转录。
完成病毒包装的GeCKO v2.0文库应与目的细胞进行较低的MOI进行转染,以确保进入单个细胞的gRNA数量不超过1个。在完成转染后,开始筛选工作之前,应进行一轮NGS深度测序,评估细胞池中gRNA的表达情况。在筛选结束后再进行第二轮NGS深度测序,并对数据进行分析, 确定筛选过程中丢失或富集的gRNA序列。
GeCKO文库交付规格
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文库(转染级)以25μg为一个单位量。100μg及200μg文库分别是以4x25μg或者8x25μg形式交付。
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提供项目报告及二代测序验证的统计摘要及COA文件,如您需要,还可提供完整可用的NGS原始数据。